Отдельные положения теории могут применяться в любой области медицины. Но, наиболее полно и с точностью, достаточной для клинических и профилактических применений, теория должна описывать ограниченное множество состояний и реакций человека. Основные ограничения следуют из следующих предположений:

1. Человек находится в условиях современной цивилизации, то

есть, нет внешних, существенных ограничений в пище, отдыхе, удовольствиях и т.д.

2. Человек не находится в бессознательном состоянии.

3. Не учитываются генетические нарушения в организме.

4. В организме присутствует некоторое количество резервных сил и энергии, необходимых для выполнения функций обмена со средой и обеспечения работы механизмов регуляции и восстановления.

5. Не учитываются невозвратные нарушения механизмов регуляции и восстановления, а так же основных функций и органов человека, например, из-за травм, геронтологических изменений и т.п.

6. Инфекции не учтены.

В результате основы теория Бутейко не претендуют на достаточно точное и полное описание основных изменений в организме при следующих процессах и типах патологий:

1. Инфекционные болезни.

2. Наследственные болезни, вызванные генетически обусловленными нарушениями механизмов регуляции и восстановления. Но наличие "генетической предрасположенности" не ограничивает применение теории К.П. Бутейко.

3. Тяжелые формы психических расстройств.

4. Травматические нарушения.

5. Экстремальные состояния (наркотики, отравления, ожоги, радиация и т.п.)

6. Состояния на грани жизни и смерти (реанимация).

7. Геронтологические нарушения, вызванные процессами старения и износа.

8. Нарушения в работе сознания, бессознательные состояния.

9. Рак.

10. Процессы в организме, непосредственно связанные с функцией продолжения рода.

При этом следует иметь в виду, что применение положений теории и метода Бутейко в перечисленных областях часто позволяет резко повысить эффективность лечебной помощи, за счет создания общего благоприятного фона.

Перечисленные ограничения раскрывают данное выше формальное определение "болезням цивилизации". Это всего лишь несколько десятков заболеваний из общего списка многих тысяч известных в медицине недомоганий. Например, это - риниты, бронхиты, астма, аллергия, сердечно-сосудистые недомогания, неврозы, и т.д.