Компания Sequoia genetics объявила о начале клинических испытаний тест-системы, предназначенной для выявления тяжелых наследственных заболеваний у новорожденных и их носительства у пар, планирующих беременность.
Решение для молекулярно-генетической диагностики основано на технологии
секвенирования следующего поколения (next-generation sequencing, NGS) и состоит
из набора реагентов и специализированного программного обеспечения. При
разработке продукта, предназначенного для поиска генетических вариантов в
пределах заданных целевых регионов генома, основное внимание уделялось вопросу
прослеживаемости и однозначности обработки данных секвенирования с тем, чтобы
гарантировать достоверность и воспроизводимость результатов исследования. С
целью проведения широких клинических испытаний Sequoia genetics установила
партнерские отношения с несколькими европейскими лабораториями: Институтом
молекулярной патологии и иммунологии Университета Порто (IPATIMUP, Португалия),
компанией StabVida (Португалия) и Центром геномных исследований Университета
Ливерпуля (Centre for Genomic Research University of Liverpool, Великобритания).
Итогом выполнения комплекса задач, предусмотренного проектом «Неонатальная
NGS-генодиагностика», станет создание и внедрение в клиническую практику
высокоэффективного метода диагностики трех врожденных нарушений обмена веществ:
муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии. Диагностика этих заболеваний у
всех новорожденных рекомендована Всемирной Организацией Здравоохранения,
является обязательной в Российской Федерации и многих развитых странах мира в
рамках государственных программ скрининга. Диагностическое решение реализует
молекулярно-генетический компонент анализа на базе полупроводникового
секвенатора Ion PGM (Life technologies), используются протоколы таргетного
обогащения образца и молекулярное баркодирование (до 48 образов). Программное
обеспечение и специализированная база данных патогенных мутаций предназначены
для анализа данных секвенирования, визуализации результатов и генерирования
медицинского отчета. Созданное решение является мультиэтническим и одинаково
эффективно может быть использовано для проведения исследований в разных частях
света. Это позволит специалисту-генетику получать достоверную и максимально
полную информацию о наличии генетических маркеров тяжелых наследственных
заболеваниях у новорожденных или их носительстве.
Научный руководитель компании Sequoia genetics Александр Павлов:
«В рамках реализации проекта «Неонатальная NGS-генодиагностика» мы уже
выполнили все этапы, необходимые для создания полнофункционального макета. И
сейчас подошли к важнейшему шагу – оценке аналитических и диагностических
свойств тест-системы, что и происходит в процессе верификации и валидации.
Верификацию мы проводим путем сопоставления последовательности ДНК, полученной
референсным методом (секвенированием по Сангеру) и NGS. Так мы подтверждаем, что
аналитическая чувствительность и аналитическая специфичность позволяют надежно
определять первичную последовательность ДНК и зиготность образца в пределах
установленных геномных регионов. Подготовка образцов осуществляется в нашей
лаборатории, а само секвенирование по Сангеру – в сертифицированной лаборатории
в Швейцарии».
Поскольку диагностические тест-системы на платформе NGS в настоящее время быстро
развиваются и пока не вошли в широкую клиническую практику, не существует и
четко установленных подходов к валидации таких решений, как не существует и
стандартных руководств по проведению таких исследований.
«Нами был создан план валидации и сформулированы требования к референсным
лабораториям» - поясняет Александр Павлов.
«Прежде всего, мы решили, что это будут европейские лаборатории, которые
имеют надлежащую сертификацию для проведения подобных генетических исследований
и уже достаточно долгое время используют секвенаторы следующего поколения в
своей рутинной практике.
Валидация представляет собой сложный процесс, целью которого является
определение диагностических свойств решения и оценка возможности его
использования для постановки генетического диагноза в клинической практике.
Исследования проводятся в трех референсных лабораториях на выборке из 576
образцов, по которым имеется информация об обнаруженных ранее мутациях и
соответствующем клиническом статусе. Цель этого исследования – оценка
диагностической чувствительности, диагностической специфичности, его
аналитического превосходства над другими методами, а также внутри- и
межлабораторной воспроизводимости.
По окончании валидации в сентябре мы планируем опубликовать большую статью,
написанную совместно с европейскими коллегами, в которой будут подробно описаны
подходы, лежащие в основе данных исследований и результаты испытаний. Мы
рассчитываем, что результаты проделанной нами работы послужат весомым
доказательством того, что разработанное решение имеет существенные
диагностические преимущества, и позволят в кратчайшие сроки приступить к
сертификации и внедрению метода в рутинную клиническую практику».