Петербургские медики получили в распоряжение новый инструмент для генетического тестирования новорожденных

В Санкт-Петербурге диагностику у новорожденных муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии – тяжелых наследственных заболеваний – будут проводить при помощи передовой технологии секвенирования генома. Это первый в России случай внедрения высокопроизводительных геномных исследований в рутинную медицинскую практику.

С февраля 2015 года Медико-генетический диагностический центр Санкт-Петербурга (СПб МГЦ) в своей повседневной практике начнет проводить генетическое тестирование новорожденных на тяжелые наследственные заболевания с применением технологии высокопроизводительного геномного анализа. Разработка и клинические испытания диагностического решения, которое будет использоваться в СПб МГЦ, были выполнены петербургской биотехнологической компанией Parseq Lab. На сегодняшний день это первый в России и один из первых в мире случаев, когда высокопроизводительное секвенирование генома начинает рутинно применяется в клинической практике.

Главный врач СПб ГКУЗ «Диагностический центр (медико-генетический)», врач-генетик высшей квалификационной категории, д.м.н., профессор, Заслуженный врач РФ - Романенко Ольга Пантелеймоновна: «В нашем Центре вот уже более 45 лет ведется системная работа по выявлению наследственных заболеваний и врожденных пороков развития у населения г. Санкт-Петербурга. Наши высококвалифицированные специалисты в области медицинской генетики проводят приём и консультирование пациентов, а лабораторная служба обеспечивает нас качественными и своевременными результатами исследований. Мы установили и поддерживаем тесное сотрудничество с ведущими научными и лечебно-профилактическими учреждениями города и страны в целом, чтобы обеспечивать постоянно высокий уровень медицинской помощи в такой комплексной и динамичной области здравоохранения, как генетика наследственных заболеваний человека. Важным аспектом нашей деятельности является работа по постоянному повышению квалификации врачей-генетиков и оснащению лаборатории самым современным и прецизионным оборудованием. Так некоторые методы, которые сейчас широко применяются в диагностике наследственных болезней обмена веществ у новорожденных, были освоены нашими специалистами одними из первых в стране. Мы надеемся, что внедрение метода высокопроизводительного анализа генома позволит во многих случаях сократить сроки постановки диагноза и выявлять редкие формы болезней, которые до настоящего времени крайне плохо дифференцируются».

Диагностическое решение, получившее название VariFind™ Neoscreen assay, имеет мировую новизну - анализируемая панель мутаций сегодня является самой широкой из всех, предназначенных для неонатального скрининга. Решение основано на технологии высокопроизводительного анализа генома (секвенирование следующего поколения, next-generation sequencing, NGS) и состоит из набора реагентов, протоколов и специализированного программного обеспечения. Работа по его созданию длилась два года и проходила при поддержке инновационного центра «Сколково», Медико-генетического научного центра РАМН (Москва), НИИ медицинской генетики СО РАМН (Томск), российских отделений корпораций ЕМС и Life Technologies.

Клинические испытания диагностического решения проходили в ведущих лабораториях Португалии и Великобритании. Верификация метода исследования, заключающаяся в сравнении с существующим «золотым стандартом» (для генетического тестирования это традиционное секвенирование методом Сэнгера), выполнялась в Швейцарии.

В России диагностическое решение планируется к использованию в качестве одного из этапов неонатального скрининга, который представляет собой совокупность обязательных медицинских мероприятий, направленных на выявление тяжелых наследственных заболеваний у новорожденных. Проведение неонатального скрининга рекомендовано Всемирной Организацией Здравоохранения и на регулярной основе выполняется в Российской Федерации и многих других развитых странах мира. Введение генетического тестирования с использованием VariFind™ Neoscreen assay в программу скрининга ставит своей целью повысить эффективность определения наследственных заболеваний у новорожденных и сократить промежуток времени, необходимый для постановки диагноза.

Главный научный сотрудник отдела муковисцидоза МГНЦ РАМН, д.м.н., профессор, Елена Ивановна Кондратьева: «С развитием программы неонатального скрининга стало понятно, что есть формы заболевания, при которых наблюдаются пограничные значения стандартных диагностических тестов. Мы годами наблюдаем таких детей, решаем есть у них муковисидоз или нет. В этих случаях нам очень помогает именно генетическая диагностика. Создание такой тест-системы, которая бы могла включать достаточное количество мутаций, в том числе редких (а они не входят сейчас в тесты, которые используются в России) позволяет довольно быстро сориентироваться и скорректировать тактику лечения».
В настоящий момент генетическая диагностика муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии проводится опционально (при наличии технической и финансовой возможностей у лаборатории и регионального бюджета) или за счет средств пациента. Почти в трети всех случаев мутации, вызывающие тяжелые наследственные заболевания, остаются не выявленными, что обусловлено ограничениями классических методов и высоким генетическим разнообразием населения Российской Федерации.

Из 460 мутаций, выявляемых с помощью новой тест-системы, 320 ассоциированы с развитием муковисцидоза, являющегося к настоящему моменту, наиболее изученным наследственным заболеванием. По мере появления новых данных о генетических изменениях, связанных с развитием муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии, список тестируемых с помощью VariFind™ Neoscreen assay мутаций можно быстро расширить. Эта особенность является существенным технологическим преимуществом диагностического решения, которое уже сегодня позволяет определять даже крайне редкие клинически значимые мутации.

Руководитель компании Parseq Lab Александр Евгеньевич Павлов: «Наше решение способно выявлять широкий спектр генетических вариантов, обнаруживаемых в геноме каждого человека, а затем проводить их аннотирование, т.е. предлагать врачу-генетику дополнительную информацию о тех вариантах - мутациях, клиническая значимость которых установлена. В России наш опыт – это пока первый случай, когда данная технология перебралась из научных лабораторий в клинику. Мы ожидаем, что следующий год принесет большой объем практических результатов и мы узнаем, насколько ДНК-диагностика на основе высокопроизводительного секвенирования позволяет повысить эффективность существующего алгоритма скрининга новорожденных. Если будет показаны улучшение выявляемости наследственных заболеваний, сокращение сроков постановки диагноза и суммарный положительный экономико-социальный эффект, то можно будет ожидать массового внедрения таких технологий в медицинских учреждениях».